La fauna selvatica presente all’interno del Parco Naturale Regionale dell’Incoronata e' molto diversificata grazie alla ricchezza di habitat presenti nell’area protetta (corso d’acqua, pascoli, bosco, agroecosistemi etc.). Gli avvistamenti degli animali non sono difficili e le osservazioni inoltre saranno diverse secondo la stagione, l’ora, o delle condizioni atmosferiche. Durante una visita al bosco, lungo i sentieri dell’area protetta, sara' facile ascoltare il “tambureggiare” del Picchio verde, mentre guardando in basso e possibile scoprire le impronte della Volpe, del Tasso o della Faina che nella notte precedente si sono mossi in cerca di cibo. Osservando invece con attenzione verso l’alto, fra i rami, sara' facile scorgere il volteggiare della Poiana o il colorato battito d’ali dell’Upupa. Di notevole interesse e' il dormitorio invernale di Gufo comune, uno dei piu grandi d’Italia con circa 80 individui riuniti insieme su pochi alberi.

La fauna selvatica del territorio è molto diversificata grazie alla ricchezza di habitat   presenti nell’area protetta.  Nel torrente Cervaro, in particolare, sono molte le specie diverse per natura ed abitudini. Interessante negli ultimi anni è la presenza stabile, nel tratto alto del torrente, del Lupo (Canis lupus), mentre la presenza della Lontra (Lutra lutra) non risulta confermata.

Per la sopravvivenza di entrambe queste specie nel tratto alto del torrente è perciò fondamentale la tutela di due habitat fluviali (3280 “Fiumi mediterranei a flusso permanente e filari ripari di Salix e Populus alba” e 92A0 “Foreste a galleria di Salix alba e Populus alba”) che costituiscono sia un rifugio che un corridoio ecologico, e quindi un collegamento, tra le popolazioni presenti nell’Appennino Dauno.

Gli uccelli: nel Bosco dell’Incoronata è stata segnalata la Gallina prataiola (Tetrax tetrax), una specie prossima alla minaccia di estinzione. Per questa specie l’unico presupposto per una possibile politica di recupero è la tutela dell’habitat “Percorsi substeppici di graminacee e piante annue cod. habitat 6220 (Thero-brachypodietea)” (*), considerato prioritario (in termini di conservazione e tutela) dall’Unione Europea.

La stessa area è frequentata anche nel periodo post riproduttivo, prima della migrazione,  da un raro falco dalle abitudini sinantropiche, vale a dire che vive a stretto contatto con l’uomo senza però diventare domestico, il Grillaio (Falco naumanni): potrebbe essere il preludio alla colonizzazione di questo sito, ed in tal caso l’eventuale nidificazione del Grillaio presso la masseria Giardino rappresenterebbe la colonia più settentrionale della Puglia.

Altre specie rare, d’interesse comunitario, presenti nel tratto medio alto del Cervaro ed in forte diminuzione sono due rapaci dalla caratteristica coda a “rondine” e dalle abitudini parzialmente necrofaghe (che cioè si cibano di carcasse di animali): il Nibbio reale (Milvus milvus) e il Nibbio bruno (Milvus migrans). Lungo le sponde alberate del torrente, e in particolare nel bosco dell’Incoronata, possiamo invece incontrare due specie di picchi, quello verde (Picus viridis), dall’inconfondibile richiamo simile ad una risata, e il Picchio rosso maggiore (Dendrocopos major).

In inverno il bosco ospita anche molte specie di turdidi, uccelli di taglia media con coda lunga e becchi piuttosto sottili che si cibano di insetti, vermi e bacche e si osservano prevalentemente sul terreno: il Tordo bottaccio (Turdus philomelos), la Cesena (T. pilaris), il Merlo (T. merula). Sempre in inverno è piuttosto comune anche la Beccaccia (Scolopax rusticola), riconoscibile per le zampe corte ed il lungo becco.

Con l’arrivo della primavera cambiano naturalmente le specie presenti ed in questa stagione non è raro vedere nelle radure, al crepuscolo e di notte,  il volo di un particolarissimo uccello insettivoro con la testa grande ed appiattita ed il becco corto ma con una grande apertura, il Succiacapre (Caprimulgus europaeus).

Spesso qui compare un'altra specie migratoria, terricola, l’Occhione (Burhinus oedicnemus) che, come dice il nome stesso ha grandi occhi gialli (per l’adattamento alle abitudini notturne), zampe lunghe e piumaggio molto mimetico.

Osservando invece con attenzione verso l’alto, nel cielo, sarà facile scorgere il volteggiare della Poiana (Buteo buteo), un rapace di medie dimensioni dalle ali larghe, mentre tra gli alberi  si potrà scorgere l’Upupa (Upupa epops), uccello insettivoro dall’inconfondibile cresta, con ali e coda bianche e nere.

Di notevole interesse è il dormitorio invernale – uno dei più grandi d’Italia -  di Gufo comune (Asio otus), con circa 80 individui riuniti insieme su pochi alberi. Questa specie infatti in inverno tende ad aggregarsi in gruppi in un’area circoscritta per poi separarsi nel periodo della riproduzione.

I mammiferi: il predatore più comune è la Volpe (Vulpes vulpes);frequentano  inoltre tra i mustelidi, oltre alla già Lontra, il bacino del torrente Cervaro la Puzzola (Mustela putorius), il Tasso (Meles meles) e la Faina (Martes foina).

Anche i chirotteri, i cosiddetti pipistrelli, frequentano l’area: ne sono state segnalate diverse specie: Rinoloo maggiore e minore (Rhinolophus ferrumequinum e R. hipposideros), Vespertilio maggiore (Myotis myotis), Vespertilio di Capaccini (M. capaccinii), Vespertilio di Blyth (M. blythii), Pipistrello albolimbato (Pipistrellus kuhlii), Pipistrello nano (P. pipistrellus), Molosso di Cestoni (Tadarida kenioti).

Gli anfibi: è segnalata la presenza, nel tratto alto del torrente, dell’Ululone dal ventre giallo (Bombina variegata), piccolo e con il corpo piatto, mentre tra i rettili è importante la presenza del Cervone (Elaphe quatuorlineata) - un serpente non velenoso che può raggiungere i 2,5 m di lunghezza - e della Tartaruga palustre (Emys orbicularis)

I pesci:  le acque del torrente ospitano una specie di pesce della famiglia dei ciprinidi, d’importanza comunitaria, l’ alborella appenninica (Alburnus albidus).