Il bosco di Roverelle: questo habitat e' particolarmente interessante e raro, infatti, la presenza delle querce, in molti casi di etа' secolare, rappresenta un patrimonio genetico unico a testimonianza dei boschi planiziali originari che si distribuivano lungo il Tavoliere prima delle grandi bonifiche. Le grandi querce sono habitat ideale per molte specie di animali che fra i loro rami, radici e fessure si nascondono o si rifugiano.
Il bosco ripariale: questo tipo di vegetazione cresce esclusivamente lungo le rive del torrente Cervaro,questo perche' la perenne presenza di acqua nel terreno condiziona e seleziona solo le specie che riescono a sopravvivere alla costante presenza di umidita' e di acqua. Le specie tipiche di questo ambiente sono naturalmente i salici, i pioppi e i frassini.
Le praterie: sono parte inscindibile dell’area protetta. Questo tipo di vegetazione e' ormai diventata rara e frammentata tanto da essere ormai considerato habitat prioritario da proteggere dalla Comunita' Europea. La causa e' sicuramente l’abbandono delle attivita tradizionali come il pascolo ovino. In questo habitat si insediano specie vegetali fragili e poco comuni come le orchidee selvatiche.
I rimboschimenti: in passato in sostituzione delle aree in cui il bosco planiziale era degradato (incendi o tagli abusivi) furono realizzati dei rimboschimenti artificiali di eucalipti (specie australiana), Robinia (specie nord-americana) e di Pino d’Aleppo (specie mediterranea costiera) e di altre specie alloctone. I rimboschimenti hanno una fisionomia che riflette il carattere artificiale delle formazioni: gli alberi sono in genere molto fitti, disposti in gruppi di individui della medesima eta e specie, e nel tempo danno vita a dense fustaie sempreverdi che lasciano filtrare una debole luce al suolo; questo limita notevolmente lo sviluppo delle specie del sottobosco e pochi isolati esemplari provenienti formazioni vegetali circostanti. Queste specie estranee alla vegetazione planiziale originaria, si prestano molto bene come zone di protezione del parco e come aree ricreative.
Le zone umide: durante la stagione piovosa il Parco del Bosco Incoronata raccoglie l’acqua in eccesso in pozze temporanee. Questi micro habitat permangono fino alla fine della primavera e cio' fa si che molte specie di anfibi, ormai rarissimi nell’arido Tavoliere, trovano li il sito ideale per completare i loro cicli riproduttivi. Pochi anni fa sono state realizzate alcune cisterne artificiali per conservare l’acqua anche durante l’estate.
Gli agroecosistemi: Un elemento ambientale inscindibile dal Parco del Bosco dell’Incoronata e' l’ambiente agricolo. Nell'agroecosistema si possono identificare tre fondamentali differenze rispetto ad un sistema naturale: la semplificazione della diversita' ambientale, a vantaggio delle specie coltivate e a scapito di quelle selvatiche, che competono con esse (es. il ricorso prolungato alla monosuccessione, gli interventi di bonifica delle zone umide, etc.); l'apporto di energia esterna (soprattutto di origine fossile) attraverso l'impiego dei mezzi di produzione (macchine, fertilizzanti, fitofarmaci, combustibili, etc.); l'asportazione della biomassa (attraverso il raccolto) che viene cosi sottratta al bilancio energetico. Molte sono le specie selvatiche legate ormai indissolubilmente agli ecosistemi agricoli tradizionali, come ad esempio la Quaglia, l’Allodola, la Calandra, le albanelle, il Falco grillaio, la Cicogna bianca e mammiferi come la Donnola e la Volpe.