L'antico nome "Fovea" deriverebbe dalle cisterne (foveae) dove veniva conservato il grano. Il luogo che ospitò numerose famiglie fuggite da Arpi, distrutta dai Saraceni, si chiamava "Santa Maria de Fovea ed era in zona acquitrinosa. Nel 1050, per volere di Roberto il Guiscardo, la zona fu bonificata e venne formato il nucleo abitativo con rilevanti fortificazioni. Il nome di Foggia fu definito ufficialmente nel 1089. Nel 1179 il borgo venne ampliato da Guglielmo II il Buono.
Nel 1223, Federico II, si fece costruire una residenza regale (visibili pochi ruderi), in quanto era felice di soggiornare nella città, stabilendovi la sua corte, creando lo Studio, dove insegnò Michele Scoto. Nel periodo Angioino, la città subì un notevole progresso anche commerciale. Nel 1447, Alfonso I d'Aragona, vi stabilì la "Dogana della mena della pecora" (sede di riscossione delle tasse per la transumanza). Subì danni e distruzioni nella guerra fra Francesi e Spagnoli. Fu quasi totalmente distrutta dal terremoto del 1731, ma reagì sviluppandosi anche culturalmente nel periodo dei Borboni. Nel 1806, Giuseppe Bonaparte, la elevò a capoluogo della provincia, abolendo la "Dogana" (ripristinata nel 1817 da Ferdinando di Borbone), che fu definitivamente abolita nel 1865.
Ha dato i natali al compositore Umberto Giordano (1867-1948). Della residenza regale fatta costruire da Federico II nel 1223, non resta che un raffinato portale ad arco incorporato nel Palazzo Arpi. Accanto alla Villa Comunale si trova l'Orto Botanico e nei Propilei della Villa la Galleria Civica del Palazzotto dell'Arte. In viale Michelangelo ha sede la Biblioteca Provinciale, che comprende anche la Biblioteca Zingarelli, la Libreria Cardini, la raccolta Fraccacreta, la libreria Faiella. La chiesa di Gesù e Maria risale al 1510, ma fu riedificata nel 1738 (dopo il terremoto del 1731), conserva sculture e dipinti di varie epoche. Il Palazzo Dogana, sede della Provincia, ospita la Galleria d'Arte Moderna.